Kolejowe przewozy regionalne stanowią alternatywę dla transportu indywidualnego, przyczyniając się do obniżenia kosztów zewnętrznych generowanych przez samochody. Są one traktowane jako powszechnie dostępna usługa przewozowa o charakterze użyteczności publicznej (PSO). Często wskazywaną miarą efektywności ich organizacji jest wysokość rekompensaty oczekiwanej przez przewoźnika za wykonaną pracę eksploatacyjną (pockm). Tymczasem nie odzwierciedla ona rzeczywistej efektywności tych przewozów, ponieważ nie uwzględnia podstawowego celu angażowania środków publicznych. Nie jest nim przejazd pociągu jak najniższym kosztem, lecz dostarczenie poprzez ten przejazd możliwie wielu korzyści społeczeństwu, dla którego jest on uruchamiany. Przeprowadzona analiza wskazała na poważne trudności w określeniu oceny rzeczywistej efektywności realizacji usług kolejowych przewozów regionalnych. Oszacowany wynik finansowy osiągany przez ogólnopolską spółkę Przewozy Regionalne w poszczególnych województwach dowodzi istotnych dysproporcji. Podmiot ten zdaje się stosować skrośne dotowanie usług w celu czerpania ponadnormalnych zysków, obniżania swoich oczekiwań w obliczu potencjalnej konkurencji i sztucznej poprawy swojej efektywności w tych obszarach działalności, gdzie występuje rzeczywista konkurencja ofert. Obecna formuła organizacji kolejowych przewozów regionalnych utrudnia więc ocenę jej efektywności, a w konsekwencji optymalny pod względem ekonomicznym wybór przewoźnika. To z kolei umożliwia podmiotowi dominującemu na rynku wykorzystywanie swojej pozycji.